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Andrew Brookes / Getty Images
Il existe plusieurs types de taches qui peuvent être utilisées pour visualiser et photographier l’ADN après que le matériel ait été séparé par électrophorèse sur gel.
Parmi les nombreux choix, ces cinq teintures sont les plus courantes, à commencer par le bromure d’éthidium, qui est le plus utilisé. Lorsque l’on travaille avec ce procédé, il est important de connaître non seulement les différences entre les taches, mais aussi les risques inhérents pour la santé.
Bromure d’éthidium
Le bromure d’éthidium est probablement le colorant le plus connu utilisé pour visualiser l’ADN. Il peut être utilisé dans le mélange de gel, le tampon d’électrophorèse, ou pour colorer le gel après son passage.
Les molécules du colorant adhèrent aux brins d’ADN et deviennent fluorescentes sous la lumière UV, ce qui vous montre exactement où se trouvent les bandes dans le gel. Malgré son avantage, l’inconvénient est que le bromure d’éthidium est un cancérigène potentiel, il doit donc être manipulé avec beaucoup de précaution.
SYBR Gold
Le colorant SYBR Gold peut être utilisé pour colorer l’ADN double ou simple brin ou pour colorer l’ARN. Le SYBR Gold est arrivé sur le marché comme l’une des premières alternatives au bromure d’éthidium et est considéré comme plus sensible.
Le colorant présente une fluorescence UV 1000 fois plus élevée une fois qu’il est lié aux acides nucléiques. Il pénètre alors dans des gels d’agarose épais et à fort pourcentage et peut être utilisé dans des gels de formaldéhyde.
La fluorescence de la molécule non liée étant si faible, la décoloration n’est pas nécessaire. Les détenteurs de licences de sondes moléculaires ont également (depuis le lancement de SYBR Gold) développé et commercialisé SYBR Safe et SYBR Green qui sont des alternatives plus sûres au bromure d’éthidium.
SYBR Vert
Les colorants SYBR Green I et II (à nouveau, commercialisés par Molecular Probes) sont optimisés pour différents usages. Comme elles se lient à l’ADN, elles sont toujours considérées comme des mutagènes potentiels et doivent donc être manipulées avec précaution.
Le SYBR Green I est plus sensible pour une utilisation avec de l’ADN double brin, tandis que le SYBR Green II, d’autre part, est mieux adapté à une utilisation avec de l’ADN ou de l’ARN simple brin. Comme la célèbre coloration au bromure d’éthidium, ces colorants très sensibles sont fluorescents sous la lumière UV.
Le fabricant recommande d’utiliser les deux SYBR Green I et II avec un « film noir et blanc Polaroid 667 éclairé à l’épi de 254 nm et un filtre photographique à colorant en gel SYBR Green » pour obtenir une détection de 100 pg d’ARN ou d’ADN simple brin par bande.
SYBR Safe
SYBR Safe a été conçu pour être une alternative plus sûre au bromure d’éthidium et aux autres taches de SYBR. Il n’est pas considéré comme un déchet dangereux et peut généralement être éliminé par les réseaux d’égouts ordinaires (c’est-à-dire dans les égouts), car les tests de toxicité indiquent qu’il n’y a pas de toxicité aiguë.
Les tests indiquent également qu’il y a peu ou pas de génotoxicité sur les cellules d’embryon de hamster syrien (SHE), les lymphocytes humains, les cellules de lymphome de souris, ou notée dans le test AMES. La coloration peut être utilisée avec un transilluminateur à lumière bleue qui cause moins de dommages à l’ADN visualisé et offre une meilleure efficacité pour un clonage ultérieur.
Eva Green
Eva Green est un colorant fluorescent vert dont on a constaté qu’il inhibait la réaction en chaîne de la polymérase (PCR) dans une moindre mesure que les autres colorants. Cela le rend très utile pour des applications telles que la PCR quantitative en temps réel.
C’est également un bon choix si vous utilisez des gels à bas point de fusion pour la récupération de l’ADN. Il est très stable à haute température et a une très faible fluorescence en soi, mais il est très fluorescent lorsqu’il est lié à l’ADN. Il a également été démontré qu’Eva Green présente une cytotoxicité ou une mutagénicité très faible ou nulle.
